A governança praticada no Crepúsculo BH está estruturada de forma a garantir o compartilhamento do poder, em um modelo que proporciona aos colaboradores a condição de não apenas participar do processo, mas também de gerir a instituição em conjunto, em um modelo coletivo de autogestão. Essa estrutura ativa a inteligência coletiva nos processos de tomada de decisão e contribui para o que o fluxo de informações e decisões sejam mais dinâmicos. Além disso, há um maior comprometimento de cada equipe, que tem autonomia para prosperar e contribuir para a missão da organização.

O organograma está estruturado em círculos, que têm determinados sua área de autoridade em relação à governança, recursos, finalidades e participantes. A Diretoria da Associação atua para garantir que as ações do Crepúsculo estejam direcionadas para a realização da missão da instituição. E no Círculo Geral se encontram representantes dos diferentes círculos que atuam nas finalidades do Crepúsculo, para compartilhamento de informações e tomadas de decisões.